Jedes Unterrichtsfach an der IGS Wilhelmshaven ist einem Fachbereich zugeordnet. Die Fachbereiche, deren Mitglieder alle Lehrkräfte sind, die dieses Fach unterrichten, setzen Beschlüsse der Gesamtkonferenz um und entscheiden über die Angelegenheiten, die ausschließlich den jeweiligen fachlichen Bereich betreffen. Dies sind vor allem Art der Durchführung der Lehrpläne und Rahmenrichtlinien sowie die Einführung von Schulbüchern. Hier werden aber auch Absprachen in den jeweiligen Jahrgängen z. B. über Lektüren getroffen.