Die IGS Wilhelmshaven arbeitet seit 2005 mit der digitalen Lernplattform Moodle (http://www.moodle-igswhv.de), einem Open-Source-System, das von vielen Universitäten und Fachhochschulen (z.B. Jade Hochschule) genutzt wird. Alle Schülerinnen und Schüler erhalten in Jahrgangskursen wichtige Informationen zu Kurswahlen, Fahrten etc. und lernen in virtuellen Klassen- und Kursräumen zusammen mit ihren Lehrerinnen und Lehrern auf der Basis von verschiedenen digitalen Lernwerkzeugen. Moodle ist das zentrale Medium für den sogenannten asynchronen Unterricht und wird von einem Team von Lehrkräften gepflegt und gewartet.

Seit dem Frühjahr 2020 bietet die IGS Wilhelmshaven mit einem eigenen SII-Discord-Server (https://discord.com) auch eine Plattform für den synchronen Unterricht für Text-, Sprach- und Videochat an. Auch hier besucht jede Schülerin/jeder Schüler jeweils ihre virtuellen Jahrgangs- und Klassenräume. Auch Discord wird ausschließlich von einem Team von Lehrkräften der IGS administriert.

Seit 2018 läuft zurzeit auch noch probeweise die Unterrichtsdokumentation über ein digitales Klassenbuch. Schülerinnen und Schüler können über Webuntis (https://borys.webuntis.com/WebUntis/?school=IGS%20Wilhelmshaven#/basic/login) aktuell Unterrichtsausfälle und Vertretungen einsehen sowie bei eignen Fehlzeiten die Unterrichtsinhalte und Hausaufgaben nachvollziehen.